En el convenio interuniversitario firmado por todas las Universidades participantes en el "Máster Interuniversitario en Física Nuclear", todas ellas suscriben el Sistema de Garantía de Calidad propuesto por la Universidad Coordinadora (Sevilla). Dicho sistema se puede consultar en este enlace.
La Comisión de Garantía de Calidad del Título de Máster está compuesta por un profesor o investigador por cada Universidad participante designado por la misma más un alumno del Máster. La Comisión estará presidida por el Decano de la Facultad responsable del Máster en la Universidad Coordinadora.